尽管航空货运发展势头良好，但中国货运市场不能仅限于量的壮大，更需质的提高，虽然民航运输规模上升为世界第二，但是国内航空运输企业所占市场份额却与运输规模增长成反比，台湾集运物流公司分析中国货运市场依然存在以下几方面的问题：
1.货运服务仅限于“点到点”。中国航空货运目前基本处于“点到点”，“机场到机场”的运输载体功能上，其服务水平和服务效率不高，忽略了航空运输的潜在效益和延伸效益。且国内航空运输力量分散，规模小、航线单一没有形成网络及联盟覆盖。缺乏延伸的地面代理服务资源，在国内、国际航空货运竞争中处于劣势。
2.航空公司“重客轻货”，以价格为主要竞争手段。与客运相比，我国航空货运一直实力较弱，航空货运仅仅是客运的附属业务，长期存在“重客轻货”的局面。在经济收入和管理程度上，缺乏专业人才和积极的政策支持;在竞争策略上，由于产品单一性和可替代性，航空货运通常依靠低价格的竞争策略。在产品竞争力和服务上，航空货运实际上处于分段经营和分段运输的局面，从而增加了航空货运业中的主体航空公司在参与航空货运市场中投放产品和改善服务的难度，应有的快捷、实时的优势特点无法发挥。
3.销售渠道被代理人掌握，航空公司缺少话语权和对市场的掌控力。中国航空货运近80%资源掌握在代理手中，航空企业虽处于价值链的核心，但因手中没有货运资源，丧失了对市场的掌控力和定价权，最终成为代理人的“打工仔”和市场风险的主要承担者。由于代理与航空公司是两个不同的利益主体，难以形成稳定的合作关系。为此，造就了中国航空货运市场的怪圈，在货运市场得以大力支持与发展情况下，货运代理人赚的盆满钵满，而航空公司却亏损严重。市场经营风险几乎由航空公司承担，而代理人的风险小却收益大。
4.航空货运企业成本控制压力加大。随着我国产业结构与经济增长方式的转型，社会劳动力成本结构出现了明显的变化，劳动力成本逐年增高。与发达国家相比，我国航空公司的廉价劳动力时代已成过去。
其次，原油价格一直高位徘徊。国际原油价格在2010年上升到90美元/桶水平之后，就高居不下。2011年，原油价格基本维持在100美元/桶以上。2012年，虽然面临诸多不确定性，但原油价格可能仍然保持在100美元/桶的水平徘徊，这对于燃油成本占航空运营成本1/3的航空公司来说是个“灾难”。
5.与国外同行相比缺乏竞争力。中国加入WTO对于国内航空企业来说既是机遇也是挑战。国外航空货运公司凭借在技术、管理、规模等优势，迅速抢占中国货运市场，市场份额逐年增加。外航提供的“门对门”服务模式，通过一体化物流运输产业链，挖掘航空货运上下游环节产业价值，即使航空货运受石油价格波动、经济动荡影响而亏损，但其一体化物流依然存在丰厚的盈利。与国外航空货运企业相比，中国航空货运只是单一的机场到机场的货运方式，缺乏核心竞争力。此外，国内航空运输企业基本以国内市场为主，忽略了对国际货运市场的影响。
6.管理技术落后、人才缺乏及政策支持力度不够。目前，中国航空货运的操作与管理几乎还停留在原始的阶段，货物完全靠人工清点和纸面记录，没有统一数据系统支持，实时性差、监管脱节，在发现货物运输差错后，常常因为取证困难而无法确定责任，最后只能不了了之，造成运输质量难以提高，难以满足现代社会对于航空运输的要求。信息技术平台建设缺失，无法实现7X24小时的信息查询及跟踪服务。此外，受长久以来“重客轻货”思想的影响，缺乏专业的航空货运管理人才，管理手段和方式落后。
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